士大夫酬应的胜地
    明万历十年(1582)，嘉兴知府龚勉重修了烟雨楼，使烟雨楼比嘉靖初创时更具规模。新修的烟雨楼台，青瓦粉墙，辉映在绿树丛中。文昌、武安两祠，古色古香，庄严肃穆。天趣盎然的凝碧、浮玉两亭和梵地清净的禅定、观空两室，互相呼应，显得端庄淡雅，古朴无华。沿湖怪石嶙峋，林荫径幽。湖心井水，一泓清洌。钓鳌矶畔，桃李成行。整个园林建筑设计精巧，布局合理。这期间离开倭乱已将近三十年了，嘉兴一地也没有发生过兵火和重大的自然灾害，人民生活相对比较安定。万历二十八年(1600)烟雨楼又经知府刘应钶一度修葺，使这座烟雨名楼愈加增添了魅力，以至于四方人士来到嘉兴，必定要以一登为快！于是烟雨楼台设宴品茗，临眺题咏；丝竹歌舞，日以继夜，成了士大夫酬应的胜地了。这一时期，文人墨客，或诗或文，留下了不少赞叹烟雨楼胜景的文字。
    万历十八年(1590)，高攀龙《武林游记》云：“至嘉兴，在烟雨楼之前，临湖下复有石台，颜曰钓鳌矶。观湖更旷，湖中是菱芡。右环民居星列，左环绿树参差，亦见小致。”隔了二年，王绍传在《西泠游记》中说：“至嘉兴令嘉兴何豸、秀水李培出谒，二人皆余已丑门生。复为余置酒烟雨楼，月夜登临，不免有去国怀乡之感。”李培是秀水县县令，他有二首《南湖咏兴》诗，描述秀丽有致的鸳湖风光：
鸳鸯湖上春光滟，烟雨楼台夜月明。
到处管弦留客醉，几船渔火傍人行。

兰桡画舸纷如绮，舞女歌儿任所之。
夹岸芙蓉飞紫燕，绕堤杨柳弄黄鹂。
    这两首诗大概算得上明代烟雨楼全盛时期的代表作了。“夹岸芙蓉飞紫燕，绕堤杨柳弄黄鹂”。这是何等醉人的景色！然而另一位文人犹嫌不足，以散文之笔直述他的所见，直抒他的所感。明王士性《吴游草》云：“环嘉禾城皆水也，其高阜而面城起者，拓架其上为烟雨楼。楼之胜，琐窗飞阁，四面临湖水，如坐镜中。春花秋月，无不宜者。若其轻烟拂渚，山雨欲来，夹岸亭台，乍明乍灭。渔舫酒舸，茫茫然遥载白云第，闻橹声咿轧，睐眄而不得，其处则视霁色为尤胜。时沈纯甫解绶归来，余招与登楼，而语移时，欲邀陈伯符远不果。”
    万历间，士大夫在烟雨楼宴客，最盛大的有二次。一次是在万历三十年(1602)重阳节，戏剧家屠隆，在烟雨楼的大楼上演出他的得意杰作《彩毫记》传奇。屠隆字长卿，一字纬真、伟真，号赤水，晚称鸿苞居士。浙江鄞县人。屠隆为万历丁丑年进士，官青浦知县，任所离嘉兴不远。这年，屠隆借住烟雨楼创作、排演《彩毫记》，此剧共四十二出，演唐代大诗人李白的故事。《彩毫记》在烟雨楼的排演，轰动了四方，在当时可算得上是戏剧界的一次盛会。所谓“楼倚重湖酒百巡”，这是烟雨楼自建楼以来第一次最大规模的戏曲活动，为此后清代至民国时期的“南湖昆曲”的兴起，开了先声。《彩毫记》传奇的演出详情未见记载，但当时嘉兴知府车大任应邀赴宴观剧后，作有《九日约同冯女田、傅海麓、黄贞南赴屠伟真召登烟雨楼看演彩毫，为伟真制曲，即席赋诗二律》诗，诗中“烧残蜡炬留欢久，水
月空明待去舟”之句，可以略窥这次湖楼曲会带给主客怎样的欢欣，留下了绵绵无尽的余韵。
    另一次在万历三十三年(1605)，松江人文学家兼书画家董其昌赴湖北督学，路过嘉兴。嘉兴地方官吏、乡缙士绅在烟雨楼设宴接风，游览南湖。在这个时期，士大夫们都受着姚江
派的影响，标榜着“儒佛一家”。虽然这班人个个都在争名夺利，但表面上还要做出“行善积德”的姿态，所以“放生”在明代士绅之间很盛行。董其昌到了嘉兴，见把范蠡湖作为放生湖，认为湖面太小，就建议把滮湖作为放生湖。他亲笔写了“鱼乐国”三个大字，刊成石碑，立在烟雨楼的北面。知府车大任为此写了《鱼乐国记》。董其昌是名闻天下的大书法家，他题书的“鱼乐国”碑保存至今，已成为烟雨楼的名迹之一。
    崇桢五年(1632)知府李某又重修了一次烟雨楼，事见岳元声撰《重建烟雨楼碑记》，文学家李日华等立碑。